மறைந்த ஜெயேந்திர சரஸ்வதியின் இயற்பெயர் (பூர்வாசிரமப் பெயர்) சுப்ரமணியன். இவரது தந்தை ரயில்வே துறையில் பணியாற்றியவர். ஆறு ஆண்டுகள் சங்கரமடத்தின் வேதபாட சாலையில் பயின்ற சுப்ரமணியன், 1954ல் ஜெயேந்திர சரஸ்வதி எனப் பெயர் மாற்றம் பெற்று சங்கர மடத்தின் பீடாதிபதியானார். தொடக்க காலத்தில், பெரிதாக செய்திகளில் அடிபடாத ஜெயேந்திர சரஸ்வதி, 80களிலிருந்தே மடத்தின் சமயச் செயல்பாடுகளுக்கு மாறான செயல்களில் ஈடுபட்டதாகக் கருதப்பட்டவர். ஜெயேந்தரன் சங்கராச்சாரி தனது 19 வயதில் காஞ்சி மடத்திற்கு இளைய பீடாதிபதியாக பதவியேற்றபோது, இந்த நியமனம் இந்து மதத்தை பாதிக்கும் என்று எதிர்ப்பு தெரிவிக்கப்பட்டது. கடந்த 1994ஆம் ஆண்டில் காஞ்சி பெரியவர் சந்திரசேகர சரஸ்வதி சுவாமிகள் காலமான பின்னர், மடத்தின் பொறுப்புக்கு ஜெயேந்திர சுவாமிகள் வந்தார். ஜெயேந்திர சரஸ்வதி சம்பந்தப்பட்ட மிகப்பெரிய சர்ச்சை 1987ல் வெடித்தது. அந்த ஆண்டு ஆகஸ்ட் 23ஆம் தேதி யாரிடமும் சொல்லாமல், மடத்தைவிட்டு வெளியேறினார் ஜெயேந்திரர். சங்கராச்சாரியாராக இருப்பவர்கள் எப்போதும் தன் தண்டத்தை (சங்கராச்சாரியார் கையில் வைத்துள்ள ஒரு புனிதக் கழி) பிரியக் கூடாது என்பது மரபு. ஆனால், ஜெயேந்திரர் மடத்தைவிட்டு வெளியேறியபோது, தன் தண்டத்தையும் கமண்டலத்தையும் விட்டுவிட்டே வெளியேறினார். சாதுர்மாஸ்ய பூஜை காலத்தில் பீடாதிபதிகள் வெளியேறக்கூடாது என்ற விரதத்தையும் மீறி அவர் வெளியேறியது மடத்தின் பக்தர்களுக்கு பெரும் துக்கத்தை ஏற்படுத்தியது. இந்த சம்பவம் அந்த காலகட்டத்தில் பெரும் பரபரப்பையும் சர்ச்சையையும் ஏற்படுத்தியது.

காஞ்சி சங்கர மடத்திற்கு குடியரசுத் தலைவர் போன்ற உயர் பதவிகளை வகிக்கக்கூடியவர்கள் வருவது வழக்கம்தான் என்றாலும் 1998ல் மத்தியில் பா.ஜ.க. அரசு ஏற்பட்ட பிறகு இது பெரிய அளவில் அதிகரித்தது. மத்தியிலும் மாநிலத்திலும் உள்ள பல பாரதிய ஜனதாக் கட்சித் தலைவர்கள் காஞ்சி மடத்திற்கு வந்து ஜெயேந்திர சரஸ்வதியைச் சந்தித்துச் சென்றனர். 2001-2006 காலகட்டத்தில் நடைபெற்ற அ.தி.மு.க. ஆட்சியின் துவக்க ஆண்டுகளில் தமிழக அரசில் பெரும் செல்வாக்குடன் ஜெயேந்திர சரஸ்வதி விளங்கினார். காஞ்சி மடம் என்பது பணக்கார மடமாக கருதப்படுகிறது. இந்த மடத்தின் நிர்வாகத்தின் கீழ் பல்வேறு மருத்துவமனைகள், மருத்துவக் கல்லூரி, பல்கலைக் கழகம், கல்வி நிலையங்கள் ஆகியவை உள்ளன. மத்தியில் இருந்து மத்திய அமைச்சர்கள், பிரதமர், ஜனாதிபதி என யார் வந்தாலும் காஞ்சி மடத்திற்கு செல்லாமல் செல்ல மாட்டார்கள். இது ஒரு அரசியல் அதிகார மடமாகவும் இருந்து வந்துள்ளது. அயோத்தி பிரச்சனையில் கட்டப்பஞ்சாயத்து மூலம், சமரச பேச்சுவார்த்தைகள் மேற்கொண்டவர் ஜெயேந்திரர். ஆன்மீக (அரசியல்)வாதிகள் வட்டாரத்தில் கோலோச்சி இருந்தவர்.
